健保目前財源來自一般保費、補充保險費、政府的法定補助經費及公務預算。整體醫療支出和政府投入占比偏低的情況一直不改變，財務靠薪資為主不但成長有限，也會造成「逆所得重分配」，台灣健保財務堪憂，醫療保健的優勢將難以為續⋯⋯
台灣的醫療評比名列前茅
台灣的健康醫療服務在國際上的排行一直是名列前茅。全球最大的城市與國家數據庫NUMBEO 2026年公布的全球醫療照護指數（Health care Index）排名，台灣連續第八年蟬聯第一名。在價格（可負擔性Affordability）以及可近性（Accessibility）方面都遙遙領先其他國家。另根據世界執行長及外派人士的調查（針對各大企業派駐各國員工對當地醫療的滿意度），台灣同樣排名第一。
此外，《新聞週刊》（Newsweek）評選的「世界最好醫院」調查中，台灣有台大醫院、台北榮總、長庚醫院三家入榜。台灣的醫院總體量僅占世界的1％，能有三家醫院名列世界百大，顯示出我們醫療整體制度的優勢。
醫護過勞與人力結構危機
台灣的醫療制度讓我們引以為傲，但也有令人擔憂的一面。例如台大醫院吳明賢院長不幸在家中突發心肌梗塞倒下，雖經台大全力救治，但目前仍昏迷不醒，相較於其他國家，台灣醫護人員的辛勞遠遠超過先進國家。
同時，衛福部要執行「護病比入法」，祭出獎勵與處罰機制。在大醫院，關床是必然的事。在鄉村、偏遠地區，即便給予高額獎金，醫院仍將面臨倒閉的困境。目前的問題不只護理人力短缺，還包括醫師科別不平衡，藥師、檢驗師、X光師及物理治療師等醫事人員紛紛流向社區。他們不願留在醫院從事薪水相對較少、工作卻更辛苦的職務，造成醫院人力的結構性失衡。
醫療保健支出
從整體支出來看，台灣的醫療保健支出占GDP的比例一直低於其他先進國家。2023年含長照支出為7.8％，相對於日本的11.5％和韓國的9.3％，台灣明顯低了一截，甚至低於經濟合作暨發展組織（OECD）國家的平均水準（9％）。
在支出負擔結構面上，1995年健保開辦時，政府負擔約占64％，民眾自付額（包括掛號費、病房差額、長照、自費藥物或營養品等）占36％。直到現在，民眾自付額依然維持在37％左右，負擔並不低。
至於健保每年支出的醫療費用，主要透過「總額支付制度」進行支付。醫療出資方會與醫療院所協商下一年度健保醫療支出的總額，再依不同醫療領域分配。「健保總額協商」在賴清德總統上台後逐年增加，2024年成長率為4.7％，2025與2026年皆達上限5.5％，目前總額已達9,883億元。
保費結構與政府補助
至於健保財源，目前主要來自一般保費（以薪資為基礎）：費率約5.17％，由雇主負擔六成、政府一成、個人三成，占比約80％。再則是補充保費（資本利得，例如股利、利息、租賃所得等）：費率為2.11％，占總額約8％。另依法規定，政府每年的補助不能少於36％，因此2024年有公務預算補助款837億，2025年補助款1,058億。
此外，賴清德總統上任後推動健康台灣政策，政府也投入不少額外的公務預算來減輕健保負擔，例如百億癌症藥品基金：讓原本無法納入健保的新型標靶藥物或免疫療法得以使用。國健署編列約68億元，用於口腔癌、子宮頸癌、大腸癌、乳癌，以及新增的胃癌與肺癌篩檢。還有，本由健保支出的罕見疾病費用，由國健署負擔20億元；衛福部另外投入77億元補助護理等醫事人力。這些公務預算的確擴增了健保財源，但都是一次性的補助費用，如果換了政府，公務預算不保證能持續投入。
健保財源需要改革
健保財源的增加，目前主力是仰賴調漲保費，雖然法定保費上限仍有調整空間（現在5.17％，最高可調至6％），但靠薪資所得提高極為有限。台灣這20年來，一般受雇人員的薪資在1990年代占GDP50％，到2024年降43.1％。而有70％勞工的實質薪資被物價通膨吃掉，呈現K型發展。薪資成長只集中在少數高科技產業（如AI、半導體）。因此，調漲一般保費只是造成「累退」並非「累進」，對財務重分配極為不利。
而增加補充健保費則是一個好的財源，因為補充保費是民眾獲得一定金額以上的獎金、兼職所得達一定金額時、利息所得、股利所得以及租金收入，一次達2萬元以上，未超過1000萬元的部分，才需繳納補充保費，這可以達到財富重分配的效果。
但是，補充保費設有金額上、下限，兩萬元以上才起徵，超過1000萬後也不用再扣，這顯然並不合理。應讓所有資本利得皆需繳納。建立歸戶制度：不應由銀行一筆一筆代扣，而應透過財稅系統在每年報稅時進行歸戶扣繳，這會更有效率。怕影響中低收入戶所得，設一定免健保補充保費額度就可以避開中低收入戶的問題。
另外，應該對高價土地或房屋持有者徵收補充保費，這像是富人稅，增加財源且不影響普通民眾。
最後是公務預算，公務預算對健保財源不無小補，但它是一個很不可靠的來源，有錢的時候就編，沒錢的時候就不補助，應該要讓它制度化、法制化才對健保永續有所幫忙。現行政府補助36％應該提高，將一次性補助法制化，提高到40％比較合理。
健保財源必須改革
台灣的整體醫療保健支出與政府投入占比一直都偏低，導致民眾自付額高。若持續以薪資為基礎徵收保費，不但籌不到足夠財源，且將造成「逆所得重分配」，台灣的健保勢必不保，醫療優勢很快會消失。
為了應對醫療人力不足與過勞問題，我們需要更穩定的財源達成「人力補充計劃」，例如引進外籍醫護人員，醫療自動化與機器人輔助。未來應朝向：從「薪資所得基礎」改為「薪資所得加上資本利得，並且加徵《高價土地與房屋持有補充健保費》的財源制度，健保體系才有可能永續經營。
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